Отца потерял в год. Рос в нищете в кишлаке Кун-Батыш Кочкорского района Нарынской области, и учиться начал только в двенадцать: пять лет у сельского муллы, потом татарская школа при мечети в Караколе и русско-туземная школа 12. Учитель Заир Таиров заметил тягу мальчика к знаниям и отправил его в Оренбург. Там набор в медресе оказался закрыт. Ишеналы Арабаев уехал в Стамбул, поступил в третий класс турецкого лицея и проучился до 1908 года. Оттуда путешествовал: Измир, Бейрут, Тегеран, Багдад, совершил хадж в Мекку и Медину 12.
Вернувшись, отучился в оренбургском медресе «Хусаиния» (1908–1909), затем в уфимском медресе «Галия» (1909–1912). Там сдружился с казахским просветителем Хафизом Сарсекеевым: на каникулах вместе учили детей грамоте, а в 1911 году вдвоём издали первый кыргызско-казахский букварь «Алиппе», пособие по скоростному чтению 123. Тогда же в Казани вышла поэма акына Молдо Кылыча «Зилзала» («Землетрясение»), первая печатная книга на кыргызском языке. Арабаев подготовил издание и написал предисловие. Через год в Оренбурге выпустил «Основы правописания» 23.
На родину вернулся в двадцать семь. Идеи джадидизма, движения за светское образование в мусульманских школах, стали его программой. К 1913 году открыл школу «Курмания» в селе Торт-Куль. Там вместо старых медресе, где учили только чтению Корана, появились глобусы, карты, естествознание и точные науки 24. Там же познакомился с будущей женой: Калича (Хадича) была его ученицей, происходила из манапского, знатного, рода 24.
Современники звали его «Молдоке», наставник 4. Внешне сдержанный, даже замкнутый, но стоило ему заговорить, как раскрывался блестящий оратор 4. Владел семью языками: кыргызским, русским, казахским, татарским, узбекским, башкирским и арабским. При этом в предисловиях к книгам просил читателей присылать критику, признавал, что мог спешить при издании 45.
После революции 1917 года вместе с Абдыкеримом Сыдыковым, Жусупом Абдрахмановым и Иманалы Айдарбековым организовал пишпекское отделение партии «Алаш». Через партию обратились к Ленину с просьбой помочь кыргызам, бежавшим в Китай после восстания 1916 года (Үркүн). Выделили 50 миллионов рублей. На родину вернулись около 300 тысяч человек 36.
К 1922 году возглавил группу, впервые записавшую вариант эпоса «Манас» от манасчы Сагымбая Орозбакова. Позже записал эпизоды «Семетея» от Тыныбека Джапиева 26. Через два года, в январе 1924-го, на съезде Туркестанской АССР потребовал для кыргызов права на самоопределение. Это стало одним из шагов к созданию Кара-Кыргызской автономной области. Стал первым редактором первой кыргызскоязычной газеты «Эркин-Тоо», название предложил сам. Тогда же вышел «Кыргыз алиппеси», первый официальный школьный учебник. Арабаев создал кыргызский алфавит на основе арабской графики, добавив согласные «х», «ф» и «п» для заимствованных слов. Всего написал около двадцати учебников и пособий: по математике, естествознанию, географии 236.
Детям дал имена-манифесты: дочь Аккагаз («белая бумага»), сын Эркин («свобода») 4.
Арестован в 1933 году по делу «Социал-Туранской партии». Шестого июня доставлен в Ташкент. На следующий день, после визита следователя Левшина, найден мёртвым в камере. Официальная версия: самоубийство, отравление насваем. Родные не верили. Арабаев был глубоко верующим, суицид для него тяжкий грех. Расследования не было 57.
При обыске изъяли все рукописи, в том числе сборник диалектов кыргызского языка, утерянный навсегда. Семью выселили, заклеймили. Дочь Аккагаз отчислили из пединститута и исключили из комсомола. Пять лет без права на учёбу и работу, пока не написала Калинину. Стала учительницей, диплом получила к сорока. Сын Эркин окончил академию в Москве и семнадцать лет был ректором Кыргызского сельскохозяйственного института 457.
Реабилитирован посмертно 9 июля 1958 года 7.